Un hombre estaba frente al ordenador terminando de piratear unos programas, su nombre de pirata informático era Neo. Recibió un mensaje en su pantalla de que siguiese al conejo blanco. En ese momento llamaron a la puerta, era uno de sus clientes en busca de sus programas. El hombre le invitó a ir a tomar un trago, Neo dijo que no pero vio que la chica que lo acompañaba llevaba un tatuaje de un conejo blanco por lo que dijo que sí. En la discoteca, una mujer atractiva se acercó a él.
Le dijo que era Trinity y que si quería descubrir la verdad de su vida tendría que ir a la noche siguiente a una dirección concreta. Neo no sabía de qué iba todo por lo que decidió acudir a la dirección ya que no tenía nada que perder. Allí, dos hombres le acompañaron hasta la habitación de un séptimo piso. Trinity estaba allí junto con un hombre llamado Morfeo. Éste le dijo que le iba a proporcionar la oportunidad de descubrir la verdad de todo tomando la pastilla roja o no descubrirla tomando la pastilla azul. Neo se tomó la pastilla roja.
Capítulo 2: Matrix
Neo se despertó en una especie de cápsula donde una máquina le sacó. Tras caer al suelo le recogió otra máquina y se encontró en una especie de nave. Horas después despertó y se encontró en una habitación. Andó hasta una sala donde se encontró con Morfeo, Trinity y otras personas. Morfeo le dijo que le acompañase, le conectó a una máquina con uno de los agujeros que tenía en el cuerpo. Morfeo le enseñó que el mundo en el que había vivido se llamaba Matrix, y era un programa creado por las máquinas, las verdadera reinas del mundo.
Le comentó que los humanos y las máquinas llevaban un siglo luchando, y ahora las máquinas cultivaban a los seres humanos y los conectaban directamente a Matrix. Neo no podía creer lo que estaba escuchando pero era la verdad. Neo finalmente comenzó a aceptarlo y a ser entrenado junto a Morfeo para poder enfrentarse en Matrix a múltiples peligros, entre ellos los agentes, programas creados para destruir a los humanos que han sido desconectados de Matrix y han vuelto a conectarse para algo.
Capítulo 3: Rescate
Todos se conectaron a Matrix para ir a ver al Oráculo, uno de los creadores de Matrix que ahora ayudaba a los que se desconectaban. El Oráculo le dijo a Neo que él no era el elegido para acabar con la guerra como Morfeo creía. Éste se llevó una desilusión aunque el fondo no creía las palabras del Oráculo. Todos sufireron el ataque de los agentes que capturaron a Morfeo y mataron a tres de ellos. Los demás consiguieron salir de Matrix y regresar a la nave. Los agentes comenzaron a torturar a Morfeo para conseguir información.
Neo y Trinity trazaron un plan para salvar a Morfeo. Regresaron a Matrix y lucharon con muchas personas y agentes hasta que consiguieron salvarle pero uno de los agentes, llamado Smith, consiguió matar a Neo. Éste, con una fuerza especial, resucitó y acabó con él. Trinity sabía que él era el elegido ya que el Oráculo le dijo que se enamoraría del elegido y ahora estaba enamorada de Neo. Éste, Morfeo y Trinity consiguieron salir de Matrix con fé en que la guerra podría acabar pronto.
